故事主要讲诉了阿宝成为了神龙大侠，跟随功夫大师与盖世五侠一起保护着和平谷、过着宁静的生活。然而，好景不长，邪恶反派沈王爷正打算用无人能挡的机密武器征服中国并且毁灭功夫，阿宝面临着一次新的挑战，他必须回首过去并揭开身世之谜，才能找到打败敌人的关键力量。