由美里率领的反神经元组织维勒来到了被核化后完全染红的巴黎旧街市上空。为了让巴黎重回往日风貌，他们从战舰AAA温达的舰队中挑选出先锋队，将剩余的封印柱固定在巴黎地面。然而复原巴黎的操作时间只有720秒，紧张时刻神经元制造的新世纪福音战士正在大量接近。真理驾驶着新世纪福音战士改8号机前往迎击。 而另一边，真嗣、明日香、绫波零正在赤红的陆地上前行，寻找L结界密度小的场所等待救援。在救援人员赶到后，他们来到了名为“第3村”的村落——一个由经历了近第三次冲击的幸存者们建立的村落。真嗣目睹了渚薰在眼前死亡的场面，又因自己引发了近第三次冲击而感到愧疚，他封闭了自己，不吃不喝，同时也对外界的一切不为所动。面对旧友冬二和剑介的劝说，真嗣也依旧无法走出阴影…… 在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！ 再见了，所有的新世纪福音战士。