夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构盗走了绝密文件。日本警方和FBI探员与间谍展开追逐，最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。 柯南和伙伴们来到水族馆观光时发现一名受伤的女子。该女子处于失忆状态，柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。 在相处过程中，女子奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生了怀疑……